Projekty GAČR

• GAČR 205/94/0759 (1994-1996): Český ordovik jako mezinárodní standard pro mediteránní oblast (Mergl, M.: spoluřešitel).
• GAČR: (1996-1998).  Biodiverzita a ekologie řasové flóry minerálních pramenů a rašelinišť v oblasti Mariánských Lázní a NPR Soos (Chocholoušková, Z.: spoluřešitelka grantu)
• GAČR 205/97/0398 (1997-1999): Lingulátní brachiopodi siluru a devonu v Barrandienu (Mergl, M.: řešitel).
• GAČR 205/99/1065 (1999-2001): Lingulátní brachiopodi třenického až dobrotivského souvrství (ordovik) v Barrandienu (Mergl, M.: řešitel).
• GAČR 205/02/1350 (2002-2003): Silicifikované brachiopodové fauny lochkovského souvrství (spodní devon, Barrandien) (Mergl, M.: řešitel).
• GAČR 205/03/0670 (2003-2005): Fauna a stratigrafie tremadoku v Čechách (Mergl, M.: řešitel).
• GAČR 205/06/0395 (2006-2008): Paleoekologie a trofická struktura vybraných fosilních asociací kambria a ordoviku barrandienské oblasti (Mergl, M.: spoluřešitel).
• GAČR 526/06/P406 (2006-2008): Vliv suburbanizace na druhové složení městské flóry a vegetace na příkladu Plzně (Chocholoušková, Z.)
• GAČR 205/07/0466 (2007-2009): Původ a evoluce  discinidních brachiopodů v paleozoiku (Mergl, M.: řešitel).
• GAČR 205/09/1521 (2009-2011): Potravní strategie v kambriu až středním ordoviku barrandienské oblasti (Mergl, M.: spoluřešitel).
• GAČR P210/12/2018 (2012–2016): Multidisciplinární přístup při posuzování biotických krizí středního paleozoika – devonský dalejský a kačácký event (pražská pánev, Česká republika) (Mergl, M.: spoluřešitel).
• GAČR 18-05935S (2018-2020): Z minulosti do přítomnosti: fosilní versus recentní schránky mořských živočichů jako substrát pro kolonizaci a bioerozi (Mergl, M.: spoluřešitel).